Lincoln et Mary Todd sont partis assister à une représentation au Ford's Theatre. La pièce était Our American Cousin, une comédie musicale. Alors que Lincoln était assis dans la loge, John Wilkes Booth, un acteur du Maryland, résident de Virginie et sympathisant du Sud, a tiré un seul coup de pistolet Derringer à coup rond sur la tête du président et a crié « Sic semper tyrannis ! » (« Ainsi toujours aux tyrans », devise de l'État de Virginie). Booth sauta du balcon sur la scène ; Le public croyait que lorsqu'il se levait, il s'inclinait, mais la vérité est qu'il s'était cassé la jambe.
Booth boitait jusqu'à son cheval et réussit à s'échapper. Le président, mortellement blessé et après avoir été soigné par le jeune médecin militaire Charles August Leale, présent au théâtre, a été emmené dans une maison de l'autre côté de la rue où il est tombé dans le coma jusqu'à mourir dix heures après l'attaque. Booth et plusieurs de ses compagnons (certains d'entre eux se sont révélés innocents par la suite) ont finalement été capturés et pendus ou emprisonnés. L'exception à cette règle est le cas de Booth qui a été tué par un policier.
Train du cortège funèbre de Lincoln. Le corps de Lincoln a été transporté en train dans un magnifique cortège funèbre à travers plusieurs États. La nation pleurait un homme que beaucoup considéraient comme le sauveur des États-Unis et le protecteur et défenseur de ce que Lincoln lui-même appelait « le gouvernement du peuple, par le peuple et pour le peuple ». Ses détracteurs soutiennent que ce sont en fait les Confédérés qui défendent le droit au « gouvernement pour le peuple » et que c'est Lincoln qui a supprimé ce droit.
Ses restes reposent au cimetière d'Oak Ridge à Springfield, dans l'Illinois.