Dix ans plus tard, Alice répond à un appel pour retourner au pays des merveilles, reconnaissant à peine l'endroit. De la pourriture fongique de la forêt aux champignons à la chimie du domaine du chapelier fou, le pays des merveilles pourrit jusqu'à la moelle. Sans se laisser décourager par l'environnement écœurant et le danger mortel qui l'entoure, Alice doit défaire le chaos et s'efforce de découvrir le secret qui la hante. Dans les différents royaumes du pays des merveilles, Alice cherche des réponses.
Au combat, Alice gagne un petit nombre d'armes qui peuvent être utilisées de différentes manières. Son arme principale (et sa marque de fabrique) est la Vorpal Blade, un couteau de cuisine décoré.